लोणार सरोवरातील जलपातळीत होणारी अनपेक्षित वाढ चिंताजनक ठरली आहे. यंदा हिवाळ्यातही पाणी वाढत असल्याने अनेक वर्षांनी कमळजा देवीचे मंदिर १०-१५ फूट पाण्यात बुडाले आहे. ही वाढ वैज्ञानिक आणि संशोधकांसाठी मोठे गूढ बनले असून, सरोवराच्या वैशिष्ट्यपूर्ण पाण्यावर गंभीर परिणाम होत आहे. या जलपातळी वाढीचे नेमके कारण अजूनही अज्ञात आहे, ज्यामुळे व्यापक संशोधनाची गरज आहे.